Приоритетом деятельности ФОМС является Программа государственных гарантий бесплатного оказания медицинской помощи.

Трансферт из федерального бюджета в ФОМС составит в 2019 году 79 млрд рублей, в 2020 году — 244,2 млрд рублей, в 2021 году — 269,3 млрд рублей. В расчете объема субвенций учтено увеличение численности врачей и среднего медперсонала в целях устранения кадровых диспропорций и дефицита по отдельным специальностям некоторых медработников в соответствии с майским указом президента РФ. Дополнительные расходы на эти цели составят в 2019 году 12,3 млрд рублей, в 2020 году — 34,7 млрд рублей, в 2021 году — 50,4 млрд рублей.

Учтено финансовое обеспечение оказания медпомощи больным с онкологическими заболеваниями в соответствии с клиническими рекомендациями и протоколами лечения в объеме 70 млрд рублей на 2019 год и 100,8 млрд рублей на оказание высокотехнологичной медицинской помощи, не включенной в базовую программу ОМС.